梵蒂冈有这样一个秘密机构——圣座册封圣人部，下设“奇迹调查处”。两位主角分别是精通密码学的日本神父平贺，和擅长矿物学的意大利神父罗伯特。每当世界各地有“奇迹”上报（如圣母流泪、圣像流血、绝症不药而愈），他们就会被派去现场鉴定是真的超自然现象，还是自然现象或人为骗局。本季中，他们收到一份来自南美小村庄的报告：一个被诊断为脑死亡的14岁女孩，在家人祈祷七十二小时后，脑电图恢复了活动，且她醒来后能用古拉丁文背诵一段从未出现在任何文献中的《圣经》残篇。平贺用声学仪器检测后发现，那段古拉丁文的发音频率和教堂铜钟完全相同。而罗伯特检查铜钟内部时，找到了一个刻满数学公式的小型金属装置。
冷门神作。每一集都在科学与神学的边界上跳舞，既有侦探推理的严谨，又保留了神秘感。双男主互动默契，最后一集的大反转把整部剧抬升了一个维度。
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一颗价值连城的钻石陨石坠落在贫困小镇，带给居民的却不是财富，而是无法解释的变异。
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被侵犯的女孩没有死去，十年后，她成了专杀罪犯的“清道夫”。
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叔比狗和小伙伴参加全美科展，却发现有一只巨型幽灵犬在破坏所有实验项目。
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一只失去尾巴的海豚幼崽被渔民救起，如果它学不会用尾巴游泳，就将永远无法回到大海。
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为了争夺校园武道社的存亡，软萌的国画系女学生被迫展示自己深藏不露的太极拳功力。
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北宋年间，两个性格迥异的卧底探员在寒山脚下假扮夫妻，却查到了涉及皇室的惊天密谋。
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失忆的口琴少女，在樱花树下遇见了一个只能用旋律与她对话的男人。
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她是英国公主，却成了罗马尼亚的弃后，在被软禁的最后一夜，她用口红在镜子上写下了亡国真相。